在资金保障方面，汕尾创新岛场地租金和运营资金以“一事一议”的方式，报市政府同意后拨付专项经费，用于支持汕尾创新岛的物业费(能耗费)及第三方运营管理费等。以后年度视汕尾创新岛入驻企业规模再行确定运营管理费用。

　　在组织保障方面，汕尾市成立汕尾创新岛(深圳)建设工作领导小组。由市政府分管领导担任组长，市府办、市科技局、市工信局、市发改局、市人才办、市商务局、市财政局、市人社局、市投资促进局、汕尾高新区， 各县(市、区)政府等部门(单位)为成员单位。主要研究决定汕尾创新岛功能定位、配套政策及其他有关重大事项。领导小组下设办公室，办公室设在汕尾市科技局，具体负责入驻企业(项目、机构)的审核、汕尾创新岛及其运营公司管理等工作。建立定期会商机制，市科技局每季度与深圳对口帮扶汕尾指挥部召开专门会议，听取汕尾创新岛运营情况汇报，研究解决汕尾创新岛有关问题。建立信息通报机制，市科技局每季度将汕尾创新岛进展情况报送市委、市政府，同时报送深圳市科创委、深圳对口帮扶汕尾指挥部。积极探索创新汕尾创新岛与社会机构合作共建、共管、共赢机制和模式，制定利益分配和奖励办法，工商、税务等部门延伸服务职能。

　　值得一提的是，汕尾市还建立完善考核机制。对入驻企业考核，每年由领导小组办公室协同第三方运营机构进行，考核内容有当年人才招引数量、技术成果完成数量、成果转化产业化、产值等。对第三方运营机构考核，由领导小组成员单位组成考核组，考核第三方年度运营情况，考核内容有入驻企业技术成果数、孵化企业数、引进高端人才数、引进的优秀项目数、产值等指标。