1、项目的定义问题
软件开发的过程中，首先进行的任务就是需求分析，软件公司必须与客户进行充分的沟通，对用户的需求进行深度发掘。实际生活中，往往用户并不会对软件提出很明确的需求，这就需要专业的需求人员结合用户的工作环境，站在用户角度思考，真正贴近用户的需求。
2、项目组织的实施问题
软件行业是一个高强度、高度细化的行业，每一个环节都需要进行充分的交流，而由于语言表达的疏漏性和思考角度的差异，往往导致交流出现多种问题。如何解决好各部门的交流问题，这是在项目管理中必须考虑的。
3、项目控制问题
软件在设计的过程中，经常面临着更改需求、平台变化、产品定位更改等变化，这些问题的出现会影响整个项目的进程，有时甚至可以推翻整个项目。
4、项目设计和测试问题
在一款软件的开发过程中，软件的设计占据了开发周期30%的时间，这一比例充分说明了软件设计过程中的反复性。一个良好的项目设计方案，必须具有一定的远见，并留下可扩展的部分，以应对后期出现的需求变动等问题。测试在软件周期中占据了35%的时间，测试的主要目的是为了检测软件的边界值和抗压能力，因此边界值的需要进行良好的设定。
5、软件的项目评价问题
一个项目在实际中往往没有完整的项目规划，这导致管理者在评价项目中面临项目范围模糊的问题。另一方面，项目组中的成员各自具有较强的个性，如何能够公正、客观、量化的评价员工的价值，也是软件项目管理的难点和存在的问题。
